En el 2006, la UFM puso en marcha este programa con un doble objetivo: valorar el cada vez más abundante patrimonio histórico-artístico que la UFM ha ido recibiendo a lo largo de los años, y, al mismo tiempo, que tal patrimonio sirva de pretexto para recordar la necesidad de centrar los estudios históricos en la acción de cada una de las personas en el pasado.

Con ello se trata de evitar las dos corrientes mayoritarias en la historiografía: la que se centra en los personajes más conocidos (príncipes, caudillos militares, dirigentes políticos); y esa otra línea de estudios históricos, más dominante, que estudia el pasado de la masa, entendida como «naciones» o «clases sociales». La historia la construyen las personas, cooperando en sociedad o enfrentadas, con similitudes y diferencias entre los miembros de cada comunidad, pero nunca como una masa amorfa.

Entre los proyectos más destacados de Exploraciones sobre la Historia tenemos la Casa Popenoe, residencia del siglo XVIII, en la Antigua Guatemala, y el Lienzo de Quauhquechollan, cuya reproducción digital se exhibe en la propia UFM. Hay otros proyectos más discretos, pero no menos importantes, como el paseo de las estelas, que acoge una colección de reproducciones de estelas mayas, en algunos casos únicas, por haberse perdido las originales, o la exhibición de dinero privado, en la Escuela de Negocios.

La Casa Popenoe fue construida en 1632 en Antigua Guatemala, como residencia, por don Luis de las Infantas Mendoza, Oidor de la Real Audiencia. Durante casi 300 años tuvo ocho propietarios hasta que, en 1929, fue adquirida por Wilson y Dorothy Popenoe. Destruida casi en su totalidad, la casa empezó a ser ocupada por la familia Popenoe, que inició un proyecto de restauración sin precedentes; desde entonces empezó a llamarse Casa Popenoe.

En sus manos se vuelve un ejemplo vivo de cultura como expresión de civilización. En 2007 la familia Popenoe donó la casa a la UFM. La colección especial de la casa está conformada por más de 2300 volúmenes de libros y revistas sobre diferentes temas, sobresaliendo: botánica, agricultura, horticultura, flora e historia de Guatemala y de Antigua Guatemala; además de objetos, entre mobiliario, pinturas, esculturas, platería, cerámica y otros artículos de valor histórico. Los hermosos jardines de la casa albergan 61 especies de plantas.

A través de la Casa Popenoe, hemos tenido ocasión de replantear los estudios sobre el periodo hispanoguatemalteco de los siglos XVI a comienzos del XIX (mal conocido como etapa colonial), pero también la propia recuperación de la Antigua Guatemala.

En el 2006 la UFM creó la mapoteca, con la misión de conservar y preservar más de 880 mapas antiguos, donados por grandes personajes. Algunos se encuentran colgados en las paredes de la biblioteca Ludwig von Mises y otros han sido colocados en carpetas especiales, preparadas por el personal del taller de preservación y conservación.

En la colección de José Cecilio del Valle se cuenta con más de 350 mapas del Atlas Universel de la Géographie, Physique, Politique, Statistique et Minéralogique, del cartógrafo Phillippe Vandermaelen. También hay una primera edición del mapa geográfico de América Meridional, dispuesto y gravado por D. Juan de la Cruz Cano y Olmedilla, geógrafo, cartógrafo, grabador y académico español del periodo ilustrado.

La colección donada por Samuel Bonis, geólogo y vulcanólogo estadounidense, incluye más de 380 mapas geológicos y geográficos, principalmente de Guatemala y Centroamérica. En la colección de Claudio Urrutia encontramos documentos, fotografías y mapas sobre puntos territoriales y sobre la elaboración del mapa de Guatemala en relieve. Otra colección valiosa es la de Carlos W. Elmenhorst.

El mapa más antiguo de la mapoteca es Americae pars magis cognita, año 1592, del cartógrafo Theodoro Bry, y pertenece a esta colección.

Desde su donación, en 1978, la universidad alberga una de las principales colecciones de arte precolombino. La colección abarca más de 5000 objetos, que incluyen obras maestras del arte mesoamericano y colonial del país. La universidad, a través del museo fomenta la conservación, investigación y difusión de información sobre el patrimonio arqueológico y cultural de Guatemala. Cuenta con una biblioteca de aproximadamente 5000 libros especializados en arqueología, antropología, historia e historia del arte de Mesoamérica, con especial énfasis en Guatemala.

La exhibición permanente contiene objetos representativos de todas las áreas y periodos en la arqueología prehispánica de Guatemala. La exhibición está organizada en orden cronológico, y abarca desde los primeros indicios de presencia humana en el territorio de Guatemala, hasta la época de la conquista española.

El periodo colonial se inicia con la conquista de nuestro país, cuando Pedro de Alvarado llega a Guatemala, en 1523, y termina en 1821, con la independencia de España. En la exhibición se incluyen platería, imaginería, cerámica mayólica y retablos.

Desde el 2004 se han presentado conferencias impartidas por investigadores especializados, y desde el 2006 se ha atendido a grupos escolares que asisten a talleres organizados por el proyecto educativo del museo.

La biblioteca fue fundada en 1971 y posteriormente bautizada con este nombre, en honor del ilustre economista austriaco, uno de los pensadores liberales más prominentes del siglo XX. Brinda el acceso a una gran colección de revistas y libros físicos y digitales, películas, documentos y mapas. También ofrece una serie de bases de datos con contenidos digitales únicos, confiables y actuales.

En su edificio conserva más de 15 colecciones especiales donadas a la UFM, de personajes importantes en diferentes áreas del conocimiento, entre ellas la biblioteca personal de José Cecilio del Valle, prócer de la independencia de Guatemala.

También funciona en ella un taller de preservación y conservación, que se encarga de planificar, establecer y priorizar las medidas necesarias para el cuidado de las colecciones de libros, mapas y documentos que pertenecen a la biblioteca.

Actualmente la biblioteca ofrece clubs de lectura, talleres de preservación de libros y documentos, inducciones sobre manejo de bases de datos y archivos digitales, exhibiciones sobre diversos temas, actividades culturales y más.

Este programa tiene por objeto promover las ideas de la libertad por medio del arte. Para lograrlo se gestionan cuatro áreas principales: preservación, restauración, catalogación y difusión de las obras de reconocidos artistas que han sido donadas a la UFM. Una de las externalidades positivas de dicho programa es el embellecimiento del campus, como consecuencia de la sinergia entre arquitectura, conservación ambiental y museografía.

La UFM es propietaria de una colección de piezas de arte, escritos, bocetos, apuntes, material didáctico sobre arte y dibujo, fotografías y catálogos del artista guatemalteco Guillermo Grajeda Mena. La colección se inició con la donación que la familia del artista hizo, y se complementa con la cesión de los derechos de autor y de reproducción que también le fueron otorgados a la universidad por la familia del maestro. Una muestra de sus obras está instalada en el vestíbulo y en el mezanine del auditorio Juan Bautista Gutiérrez de la UFM. La galería fue inaugurada en el 2017.

Otras obras que conforman la Arteteca UFM y muestran riqueza, variedad y belleza plástica nacieron de las manos de artistas como Rudy Cotton y Guillermo Garavito, entre otros.